崇基學院於一九五一年由香港基督教教會代表所創辦，繼承以前在中國國內13所基督教大學之精神，及各宗派之神學教育傳統，並加以發揚光大。本院之歷史源流可追溯至一八六四年，長老會在廣州花地設立之神學訓練學校，該校於一九一四年即與聖公會及循道公會之神學訓練學校合併為廣州協和神學院，於戰時曾先後與華中大學及嶺南大學合作。戰後聖公會、衛理公會與道風山基督教叢林共同創立香港協和神學院，而中華基督教會與循道公會則參加新加坡之三一神學院。
自一九五七年起，崇基學院已開設宗教教育及神學科目。一九六二年，當崇基學院尚未加入中文大學時，神學教育之責，乃由當時獨立組成之崇基神學院擔任，以中華基督教會之香港神學院為該新神學院之核心。崇基神學院與崇基學院保持密切良好之關係，並由崇基學院校長容啟東教授擔任首任校長。
一九六六年崇真會（巴色差會）亦將其樂育神學院併入；而樂育神學院歷史悠久，設自一八六四年寶安縣之李朗，曾數易院址，在一九五五年設校於西貢。當時之崇基神學院乃由中華基督教會、循道公會、聖公會、衛理公會、潮語浸信會及崇真會共同支持，其校董會亦由各合作教會之代表所組成，並計劃在崇基學院內興建神學樓。
一九六八年，崇基神學院改制。神學訓練工作轉由新設立於崇基學院內之神學組辦理，成為崇基學院哲宗系（一九七八年改為中大宗教系，又於二〇〇四年發展為文化及宗教研究系）之一學術單位。所籌建之神學樓，於一九六九年落成啟用，並於二〇〇〇年重修及改建。神學課程及學術水準，均為香港中文大學認可，與其他學系具有同等地位，同受大學之監督，並提供由中文大學頒發之神學及基督教研究學位之課程。但神學組本身之管理，主要由各合作教會代表組成之神學校董會在崇基學院校董會領導下負責。其經常費不受大學撥款委員會資助，主要由教會各界人士及崇基學院校董會支持。為紀念已故之龐萬倫牧師捐出小道風山土地，崇基學院校董會由一九九八年起，撥款設立「龐萬倫基督教與中國文化講師」教席。
神學組於二〇〇四年八月一日起易名為香港中文大學崇基學院神學院，以強化作為各地華人公立大學中唯一提供神學課程的神學教育機構之角色，並以此身分更廣泛地與世界各地的神學院發展合作關係。
崇基學院神學院亦為東南亞神學教育協會之會員。本院所頒發之神道學學士、教牧學碩士、神學碩士及神學博士學位，皆由東南亞神學教育協會進行學術評審。
崇基學院神學院之歷屆畢業生，約半數已被教會按立為聖職人員，服務於海內外教會，另約有一半則分別在大專院校、神學院、基督教機構、教育及社會服務機構、工商界及其他專業界服務。
崇基神學院校長、院長及神學組主任
1963-1968年本院稱為崇基神學院，設有校長（President）及院長／教務長（Dean），由1968年起神學院改名神學組，設有主任（Head），由2004年8月1日起，神學組易名為「崇基學院神學院」，設有院長（Director）。
校長
容啟東博士（1963-1968）
院長／教務長
趙友仁牧師（1963）
芮陶菴博士（1964-1968）
主任
廖新民牧師（1968-1975）
歐禮彰牧師（1975-1977）
戴智民牧師（1977-1980）
潘應求牧師（1980-1982）
陳佐才法政牧師（1982-1987）
周天和牧師（1988-1992）
陳佐才法政牧師（1992-1995）
盧龍光牧師（1995-2004）
院長
盧龍光牧師（2004-2014）
邢福增博士（2014-2020）
葉菁華博士（2020至今）